Peter Peinstingl wurde in Innsbruck geboren und wuchs in Osttirol auf. Er studierte Dirigieren, Orgel und Kirchenmusik an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien, an der Universität Mozarteum Salzburg, sowie an der Anton-Bruckner-Privatuniversität Linz. Auslandsstudien führten ihn unter anderem zu Paul Nadler nach New York, der zu einem seiner wichtigsten Lehrer werden sollte. Die Begegnung und Zusammenarbeit mit Nikolaus Harnoncourt beeinflusste ihn maßgeblich in seinem Verständnis von Musik. Seit 2016 ist er Stiftskapellmeister der Erzabtei St. Peter in Salzburg. Peinstingl ist Mitglied des Musikbeirates im DomQuartier Salzburg und künstlerischer Leiter der Johann-Michael-Haydn-Gesellschaft Salzburg.